如果肺部真菌感染得不到及时的治疗，病程迁延，不会直接导致患者死亡。
由于真菌感染得不到及时的治疗，在整个病程中，可能会盲目的使用各种抗生素，导致药物的不良反应，尤其是真菌感染，可以无缘无故的导致消化道出血、呼吸道出血、泌尿道出血。导致呼吸道出血，可以产生严重的低氧血症，导致消化道出血，可以产生低血容量性休克、血色素下降等，都可以危及患者的生命。
临床上很难抓到抗真菌的依据，由于普遍真菌对氟康唑耐药，选择伏立康唑、伊曲康唑、卡泊芬净，价格贵，没有确切的依据，很难下决心使用这些价格比较贵的抗真菌药，以至于肺部真菌感染的患者得不到及时、正确的抗真菌治疗，病程迁延，最后死于各种并发症，如消化道出血、胃肠道功能不全、中毒性肠麻痹、肾功能不全、心律失常、心衰、呼吸衰竭等。
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