临床脑炎恢复期一般是6个月，如果6个月以内无其它症状或后遗症表现提示好转痊愈。有时根据不同脑炎和不同病情存在个体差异，普通病毒性脑炎和细菌性脑膜炎如果急性期无并发症，无脑实质受损，临床经验提示稳定2-4周很少有病情反复。此时复查脑电图和磁共振大多数都可以判断是否痊愈。如果临床无特殊不适则无需检查，继续观察即可。
但部分脑炎如果有脑实质损伤例如脑软化、脑积水等，即使出院以后6个月没有临床症状，只要脑病灶存在，同样需要担心今后可能出现继发性癫痫、头痛等后遗症。
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