扁桃体有两个，是一对扁的、卵圆形的淋巴器官，位于扁桃体窝内。扁桃体窝含有口咽外侧壁，在腭咽弓和腭舌弓之间的三角形凹陷，黏膜上皮向实质内下陷，形成凹陷的窝，称为扁桃体小窝。
扁桃体前下部分被腭舌弓遮盖，其上端末未覆盖的部分由结缔组织构成的扁桃体囊包绕，此囊仅借疏松的结缔组织与咽肌相连。此处常是扁桃体周围脓肿形成的部位，咽扁桃体环由腭扁桃体、咽扁桃体、咽鼓管扁桃体、舌扁桃体组成。
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