扁桃体发臭，通常有以下几种原因：
1、扁桃体多发性的结石：即扁桃体隐窝的无机盐、细菌、病毒，以及微生物的代谢物、食物残渣和口咽部的黏液混杂，所形成颗粒物，其会发出一种臭味，患者会表现为较严重的口臭；
2、扁桃体炎症：尤其为扁桃体细菌感染性炎症，比如化脓性扁桃体炎，特别伴发有扁桃体周围炎，甚至扁桃体周围脓肿，此时口臭较为严重，如果加之有厌氧菌生成，就臭上加臭。
如果患者口臭较重，建议到耳鼻喉科就诊，检查扁桃体是否有结石，是否存在急性或是包埋型的慢性炎症，如果有问题，可以及时处理。
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