脑梗塞的患者颅脑核磁检查，可以出现T1低信号，T2高信号的病变区。当患者发病数小时后，即可以显示出病灶，对于小脑脑干梗死和小的梗死灶具有明显的优势。如果患者在发病24小时以内，考虑小脑脑干梗死，应常规进行颅脑核磁检查。颅脑CT检查对于早期脑梗塞的患者，一般不出现病灶，常常于发病24小时后方可以出现责任病灶。颅脑核磁同时可以显示出颅内血管的情况，比如可以发现颅内血管的狭窄以及狭窄的程度，一般主要适用于大血管的病变，但颅脑核磁检查对急性期脑出血的患者一般不敏感，急性期脑出血常用颅脑CT检查。
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