甘油的不良反应主要由于其脱水作用。口服甘油可能引起头痛、恶心以及呕吐；腹泻。口渴、头晕以及精神错乱等不良反应的发生率较低。心率失常也有报告。
甘油可升高血浆渗透压，导致血管外间隙脱水,结果造成细胞外液扩充，尤其是突发脱水，可导致循环负荷过重、肺水肿以及心力衰竭。因此伴有血容量过多，心力衰竭或者肾疾病危险的患者必须慎用甘油。脱水患者也必须慎用甘油，因可能发生严重脱水。在甘油代谢后，糖尿病患者还可能出现高血糖以及糖尿。高血糖高渗性非酮症昏迷比较少见，但死亡病例也有报告。静脉给予甘油可引起溶血、血红蛋白尿以及急性肾功能衰竭。
局部或直肠给药，可产生一定刺激。角膜应用甘油前，可用局部麻醉药减少发生疼痛反应的可能性。
甘油能使皮肤保持湿润，但纯甘油不能直接涂到皮肤上来润肤，因为纯甘油若直接涂在皮肤上，它除了能吸取空气中的水分外，还将皮肤组织中的水份也吸出来，结果会使皮肤更加干燥甚至灼伤。
