怀孕45天有褐色分泌物不正常，此时患者需要查妇科彩超、血HCG、孕酮，根据检查情况决定下一步如何处理，具体如下：
1、若妇科彩超提示宫内早孕且血孕酮值下降，需要进一步安胎、止血、补充黄体酮，可用保胎灵胶囊及黄体酮注射液；
2、注意休息，禁止性生活，避免剧烈运动；
3、妇科彩超提示胚胎停育时需要尽快终止妊娠，一般可以选择药物流产或人工流产。
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