任何药物可能都有一定的副作用，是药三分毒，但是口服抗真菌药，大部分常用的还都是比较安全的，比如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等这些常用的抗真菌药，相对比较安全。
但用药之前和用药之后，也需要监测血常规、肝功、肾功，药物主要通过肝脏代谢。所以，有可能引起肝功的异常，需要定期的予以监测。除了这三种药物比较安全，如酮康唑、灰黄霉素肝脏损害会更大一些，目前较少用于系统治疗真菌感染。
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