细菌感染需要应用抗菌药物治疗，抗菌药物的选择需要结合患者感染的部位，是社区获得性感染，还是医院获得性感染，是否有基础疾病，是否存在免疫受损，需要综合来评估判断选择哪种抗菌药物，以及治疗的疗程。
对于病毒感染，如果感染了有特效药的病毒，首先需要针对病毒应用抗病毒治疗，其次采用对症治疗。目前针对病毒感染，有特效药的病毒屈指可数，包括以下几种，流感病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、艾滋病毒。针对以上病毒感染，目前有特效的抗病毒药物，需要采用抗病毒治疗。对于绝大多数的病毒感染，目前尚缺乏特效的抗病毒药物，主要的治疗是对症治疗。
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