果冻样的痰液主要是呼吸系统的炎症反应，临床最常见的是克雷伯杆菌感染而引起的肺炎。克雷伯杆菌是一种革兰氏阴性杆菌，此细菌的毒性比较大，对肺部黏膜的损伤较明显，容易引起肺部黏膜广泛的充血、水肿，大量炎性分泌物的渗出，其含有丰富的、大量的脱落的组织碎片以及死亡的和活的克雷伯杆菌菌体，同时有大量炎性分泌物的炎性因子产生。由此混合形成果冻样分泌物，再通过气道咳出，成为果冻样痰液。
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