巴氏腺囊肿又称为前庭大腺囊肿，是因为前庭大腺腺管阻塞分泌物聚集而成，在急性炎症消退后腺管堵塞分泌物不能排出，脓液逐渐转为清液而形成囊肿。
腺腔内黏液黏稠或者是先天性腺管排出不畅，也可以形成囊肿，常见的病因有三个：
第一、感染前庭大腺脓肿消退后，脓液吸收腺腔内黏液浓稠而阻塞腺管；
第二、管腔狭窄或者闭锁，先天性的腺管狭窄或者闭锁，致使腺腔内液体排除不畅或者不能排出导致囊肿的形成；
第三、前庭大腺管损害，个别病例是由于分娩时，阴道会阴外部裂伤、会阴侧切时损伤腺管或者会阴侧切伤口愈合后，发生比较严重的瘢痕组织收缩，导致前庭大腺腺管阻塞形成囊肿。
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