如果妊娠发现了甲状腺功能的异常，包括甲状腺功能减退或者是亚临床甲减，就需要在医生的指导下行相应的治疗，因为妊娠合并甲状腺功能减退，可能会带来围产期的并发症，风险增高。另外可以出现后代智力的下降，因此在整个孕期需要定期的进行甲状腺功能的复查，而且需要用左甲状腺素钠进行激素的替代治疗。
如果怀孕以后发现甲状腺激素水平增高，医生帮助确定到底是妊娠一过性的甲状腺毒症，这种情况往往是生理的改变，不需要进行特殊的抗甲状腺药物的治疗。如果是诊断弥漫性甲状腺肿伴甲亢，或者是其它的所谓结节性甲状腺肿伴甲亢、甲状腺高功能腺瘤，在医生的指导下，需要进行相应的抗甲状腺的药物治疗，或者是可能会在妊娠的中期选择合理的治疗。
