硝酸甘油软膏主要适用于治疗肛裂，与缓解肛裂所引起的疼痛。用药后头痛是最常见的不良反应，这种头痛是缓和的，多发生于开始的几次应用。少数病人头痛会比较严重或持续，如果头痛持续，应减少用药剂量。如果头痛继续发生或比较严重，应停止治疗。
用药时需要注意，当用药期间从卧位或坐位突然站起需谨慎，以免突发体位性低血压。当应用硝酸甘油软膏时，如果同时服用西地那非、他达拉非、伐地那非这些药物，可能会导致患者血压显著下降，导致患者出现头晕、晕厥，甚至发生心脏事件，因此用药时需要注意这些情况。
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