正常情况下肛门检查并不痛，做检查之前，医生戴上无菌手套，上面涂抹上石蜡油，有润滑作用。可以轻轻按摩肛门，然后缓缓插入手指，是感觉不到痛苦的。但如果患有肛周疾病，比如患有肛裂，较为严重的痔疮，或者肛门内有溃疡。因为疾病本身就有疼痛，如果做检查，就可能会出现较为剧烈的疼痛，换句话说，如果在疼痛急性发作期，一般是不做肛门检查的，以免导致疾病加重。可以给予试验性的治疗，等到疼痛基本缓解，然后再做肛门检查也不迟，或者做一些无创性的检查，同样也可以达到目的。
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