非均匀性脂肪肝在治疗方面与均匀性的、弥漫性的脂肪肝是一样的，也需要分酒精性脂肪肝与非酒精性脂肪肝。酒精性脂肪肝的治疗主要是戒酒，非酒精性脂肪肝的治疗主要是控制危险因素，需要减肥、控制体重、低脂饮食，如果有糖尿病或者糖耐量异常可以口服二甲双胍。非均匀性脂肪肝相对少见，可以与均匀性的脂肪肝之间相互进行转化。如果仅仅是脂肪肝，没有肝功能的损害，以上的治疗就足够了。如果有肝脏的炎症，可以应用药物，主要是抗氧化剂，比如还原型谷胱甘肽，另外像辅酶Q10、维生素C、维生素E都具有抗氧化的能力，都可以进行服用。当肝脏炎症的时候还可以服用保肝降酶的药物，像多烯磷脂酰胆碱、甘草类制剂，比如复方甘草酸苷片都可以服用进行治疗。
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