咽喉囊肿一般不会癌变，咽喉囊肿包括会厌囊肿、声带囊肿，属于良性肿瘤，癌变的几率并不高。
如果会厌囊肿或者声带囊肿经过手术切除以后，反复复发，需要多次切除囊肿，囊肿经过多次的切除，使伤口处经常遭受刺激以及创伤，也有癌变的可能。所以囊肿手术以后要注意避免过度发声，以及饮食方面注意避免辛辣、刺激的食物，多饮水、多休息，保护声带、咽喉，避免复发，这样可以有效预防囊肿恶变。
