地衣芽孢杆菌的主要作用见于以下：
1、治疗肠道感染：正常情况下肠道内的有益菌以及致病菌处于一种平衡的状态，当肠道出现感染时这种平衡被打破，导致致病菌成为了优势菌群，致病菌导致肠道黏膜充血、水肿以及肠道黏膜的损伤，从而新出现大便次数增多。所以在使用地衣芽孢杆菌后，进入肠道可以抑制肠道致病菌生长及繁殖，以达到一种动态平衡的状态，起到治疗肠道感染的作用；
2、治疗消化不良：进食到肠道内的食物在胃酸、胆汁以及胰液等消化液的作用下成为了食物乳糜，食物乳糜在进入肠道后，需要肠道的益生菌将食物分解人后通过小肠黏膜吸收。当机体免疫力下降时肠道内的菌群平衡被打破，致病菌成为了优势菌群则出现消化不良。所以适当服用地衣芽孢杆菌后可以增加肠道内的益生菌群，起到帮助消化的作用。
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