沙眼衣原体性尿道炎，临床症状包括尿道分泌物，通常这种分泌物的特点是比较稀薄，量比较少，可以呈浆液性或者稀薄脓性。对于女性可以出现白带增多、子宫颈的水肿和糜烂，临床可以出现一些尿道刺激症状，包括尿频、尿急、尿道灼热、尿痛，或者可以出现尿道口的充血以及发红。
沙眼衣原体性尿道炎潜伏期大概在1-3周，平均10-14天，其它症状包括可以在男性并发附睾炎、慢性前列腺炎、精囊炎等，女性可以出现子宫内膜炎、输卵管炎等。
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