肛瘘是通过手术才能够治愈的疾病，手术是治愈肛瘘唯一的方式。如果存在的肛瘘不做手术，会反复的发作，患者发作的时候就会出现瘘管汇脓，脓液流出来之后疼痛，其他的症状会减轻，但是会反复的发作，疾病不会自然好。如果不做手术首先会影响生活质量，经常发作会给患者带来一定的痛苦。如果有肛瘘疾病不做手术，时间长了由于炎症感染的反复刺激，有极少部分患者有可能存在癌变的风险，临床上有报道，肛瘘时间长了有可能出现癌变，虽然几率比较低，但是存在。
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