自然流产的原因非常多，主要的原因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。比较常见的就是胚胎因素，当存在胚胎的染色体异常，则有可能导致早期流产。还有母体因素，母体因素中又包括全身性因素以及生殖器官的异常，还有内分泌的异常等。全身的因素有女性患有严重的全身性的疾病，例如心力衰竭、肝病、肾病等，有可能会导致流产。另外，生殖器官的异常也有可能导致自然流产，例如存在子宫畸形、子宫肌瘤、子宫腺肌病等，都有可能造成流产。如果存在黄体功能不全等内分泌异常，也有可能导致流产。还有父亲的因素，如果精子的染色体异常，也有可能导致流产。一些特殊的环境，例如过多接触放射线物质，也有可能导致流产。
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