低分子肝素治疗血栓一般临床上只是在住院期间，因为出院后需要皮下注射，患者依从性较差，而且低分子肝素皮下注射时，如果方法不对可能会造成皮下大面积瘀斑，甚至有患者出现局部皮肤坏死。
理论上来说，如果凝血象没有太大的改变，而且患者没有出血倾向，可以持续注射低分子肝素3-6个月。但便于患者回家继续抗凝，避免频繁的监测，现多采用口服抗凝药物，临床上常用的是华法林和新型抗凝药物。由于新型抗凝药物可以避免频繁监测，且口服一天一次即可，因此现临床上多医嘱告知患者口服进行抗凝药物即可，而避免了低分子肝素的注射治疗。
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