乙肝抗病毒药物起效较慢，一般口服抗病毒药物一个月，才会出现乙肝病毒DNA的下降，3-6个月可以使病毒转阴，乙肝口服抗病毒药物的指征并不是乙肝病毒DNA，而是看是否有肝炎的发作。
对于乙肝携带者，如果随访肝功能，发现转氨酶的升高、胆红素升高，说明有肝炎的发作，就需要口服抗病毒药物进行治疗，一线的抗病毒药物包括恩替卡韦、泰诺福韦以及丙酚替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率，乙肝病毒DNA高的人，通过三个月的抗病毒治疗，乙肝病毒没有出现下降，说明存在原发性的耐药，就需要换用抗病毒药物进行治疗。
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