稽留流产的病因非常复杂，主要与胚胎因素、母体因素、父亲因素、环境因素有关。胚胎因素是早期流产最常见的原因，约占50%-60%。母体因素如肝肾疾病、慢性高血压、糖尿病等，或强烈刺激、不良生活习惯，孕妇过量吸烟酗酒、喝咖啡，接触毒品都可能导致稽留流产。目前免疫系统异常在胚胎停育中也占一部分原因，包括自身免疫功能异常或同种免疫功能异常。常见抗磷脂抗体综合征、狼疮抗凝血因子阳性的患者，都可表现为稽留流产。也有文献指出稽留流产与精子染色体有关，过量接触放射线和砷、铅等，也会导致稽留流产。
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