引起结膜炎的常见因素是外界环境的理化因素、病原微生物感染、自身免疫性因素，还有与全身状况相关的内因，如肺结核、梅毒等以及邻近组织的炎症蔓延，如角膜、眼睑等。
当结膜防御能力下降或者外界致病因素能力增强时会引起结膜组织的炎症反应，这种炎症统称为结膜炎。常见的致病微生物有细菌、病毒、衣原体、真菌、寄生虫、立克次体等，物理性刺激有紫外线、风沙、烟尘等，化学性损伤有医用药品、酸、碱、有毒气体等。
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