胞嘧啶是核酸中的一种碱基成分，可以存在于脱氧核糖核酸(DNA)及核糖核酸(RNA)中。在DNA的双股螺旋链上，一股单链上的胞嘧啶，可以与另一股单链上的鸟嘌呤配对，分子间形成三个氢键，从而保持DNA双螺旋结构的稳定性。此外，胞嘧啶核苷和胞嘧啶核苷酸，还可以作为合成升白细胞的药物。临床上常用的抗病毒药，如抗艾滋病病毒及抗乙肝病毒的药物，拉米夫定，还有抗癌药，吉西他滨、依诺他滨，以及常用的5-氟胞嘧啶等等，都由胞嘧啶合成。
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