肛门里疼的原因很多：
1、有可能是肛裂，就是干结的粪便容易损伤肛周的皮肤，而导致疼痛。
2、如果肛门内有痔疮，感染以后合并嵌顿，局部静脉淤血形成血栓，在大便的刺激下也会容易引起肛门部疼痛。
3、肛窦开口往上，肛腺感染以后沿着直肠、肛管蔓延，如果形成直肠、肛周脓肿，也会引起肛门胀痛、坠痛。所以肛门里边疼的原因很多，有可能和炎症有关，比如溃疡性直肠炎，会损伤直肠黏膜、侵蚀黏膜或者黏膜层的血管引起出血。因此，屁股眼里面疼的原因很多，应当结合病史、查体，必要时行肛镜检查来明确病因。
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