乙型肝炎抗病毒药物恩替卡韦的不良反应可见腹泻、消化不良、恶心和呕吐、乏力、头痛、头晕、嗜睡和失眠等症状，上述症状发生率极低。
乙肝抗病毒治疗需要长期服药，长期服用恩替卡韦有耐药风险，一旦产生耐药，药效就会明显下降，恩替卡韦的耐药性极低，治疗三年的耐药率不足1%，六年的耐药率只有1.2%，恩替卡韦可以快速抑制乙型肝炎病毒复制，应用恩替卡韦治疗时，应该定期检查乙型肝炎病毒HBV-DNA，及时发现耐药。如果发生耐药，可以改用替诺福韦治疗，替诺福韦有一定的肾毒性反应，所以对于老年人不是首选药物。
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