一般情况下，正常免疫人群尿液当中是不会出现BK病毒的，只有免疫能力低下的患者，特别是肾移植之后服用了抗免疫制剂的药物的这一类患者，有可能出现尿液当中BK病毒数值增高，甚至在血液当中也检测到BK病毒的这种情况。如果患者免疫能力恢复正常，那么这种BK病毒是可以自然消失的。但是肾移植的患者，需要长期服用抗免疫制剂的药物，所以说对BK病毒的治疗还是存在一定的争议。主要以对症治疗为主，目前并没有有效的清除BK病毒的特效药物，要根据患者具体的临床症状，来综合性的选择治疗方法。
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