对于有排卵的月经周期中，女性的体温呈双相型，主要原因是排卵以后分泌大量的孕激素，孕激素作用于体温调节中枢，可以使基础体温升高0.3-0.5℃。所以可以通过基础体温的测定，来确定月经周期中是否有排卵，以及确定排卵日期、黄体的功能。月经来潮以后，由于雌孕激素水平下降，导致子宫内膜剥脱、出血，而使月经来潮，所以月经期基础体温呈下降的状态。
如果月经期出现基础体温持续升高，且不下降，多数考虑妊娠的因素，有一部分患者在早期妊娠以后，会出现少量的阴道出血，误以为是月经来潮。如果基础体温持续升高在十天以上，应考虑妊娠，可以行尿妊娠试验或者抽血检测血清HCG的水平。另一种原因是黄体的萎缩不全，导致孕激素不能及时撤退，表现为基础体温高温相下降缓慢，在月经期出现基础体温升高。
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