在临床上，针对于肺部真菌的感染，通常选择综合治疗的措施，比如立即停止使用广谱的抗生素以及肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等，加强护理、营养，补充多种维生素、矿物质，补充足够的营养、能量，注意水电解质的平衡。
如果感染比较严重，必要时可以输新鲜的血液或者白蛋白，来提高患者的免疫力。选择敏感的抗真菌药物，比如两性霉素B、5-氟胞嘧啶、大蒜素、球红霉素等，一般根据病情，选择足疗程的抗真菌治疗，定期复查肝功能、血常规等，防止出现不良反应，必要的时候还可以取痰液做药物敏感试验，根据结果随时调整治疗方案。
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