肺部曲霉菌感染可以达到临床治愈，虽然肺部曲霉菌感染属于条件致病菌，但是由于曲霉菌诊断很难，治疗不难。曲霉菌治疗很大的问题在于诊断确立以后，应用伏立康唑、伊曲康唑、科赛斯，都可以让曲霉菌感染导致的肺炎达到临床治愈。
抗真菌治疗最大的特点是疗程长，通常如果是肺部曲霉菌感染静脉用药结合口服用药，一般至少要一个月或以上。依据曲霉菌感染的严重程度，疗程可能还有进一步的延长，有的肺部曲霉菌感染疗程可以达到三个月或以上，但是无论怎么说，肺部曲霉菌感染可以达到临床治愈。
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