抗酸杆菌阴性指不支持结核杆菌的感染，因为如果在检测的标本中存在结核杆菌，做抗酸染色时会发现阳性的结果，这是最可能的一种解释。不过临床在解读检测结果时，还需要结合临床综合的资料，才能做出最后的判断。因为在临床上情况更复杂，比如有可能病人是结核，但痰液或者标本里结核菌不多，没有取到，抗酸杆菌染色就是阴性。总之，抗酸杆菌结果阴性不能完全排除结核的感染。
另外如果病人临床上都不支持结核，但是检测出来阳性的结果，也有可能是其它抗酸阳性细菌感染所导致，比如假阳性或者水的污染。临床遇到的任何检测结果，都要结合临床特征进行具体的分析。
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