包皮上长小水疱很可能是感染了生殖器疱疹，这是由单纯疱疹病毒Ⅱ型所导致的性传播疾病，少数人是由单纯疱疹病毒Ⅰ型所导致，少部分人也可以通过物品接触而间接传染。
感染疱疹以后，大多数人先是皮肤出现细密的红疹，在此基础上出现小水疱，小水疱可以逐渐变成小脓疱，一般一周左右可以发生破溃，形成小的溃疡面。这时候有可能会有创面的疼痛，一部分人会有全身发热、乏力、淋巴结肿大等症状。如果不经过治疗，由于是病毒感染，也有一定的自限性，很多人三周左右皮损可以愈合，不过疱疹的特点是容易复发。在治疗上，可以以口服抗病毒治疗为主，局部可以用抗病毒的药膏来辅助治疗。如果疼痛明显，可以用口服的止痛药。如果继发感染，也可以使用抗菌素治疗。性伴侣或者配偶应该同期进行检查，如果也感染了疱疹，应该一起治疗。
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