后脑勺两边疼首先应该做头部磁共振以及颈椎的磁共振来除外头部的疾病以及颈椎的疾病，比如脑干、小脑的梗死、出血、肿瘤以及颈椎间盘突出压迫等原因可以导致后脑勺两边疼。
如果能够除外头部疾病以及颈椎病，最有可能是由于枕神经痛导致的，一般会出现枕部一侧或双侧的持续性钝痛、刺痛或者跳痛，可以向头顶、乳突外放射。治疗方面需要给予对症止痛，针灸、理疗以及封闭疗法来缓解疼痛，同时要注意避免受潮、受凉、长时间低头以及枕过高的枕头等等。
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