菌群失调不会引起膀胱炎，因为菌群失调指存在于消化系统中，或存在于女性生殖系统阴道内的正常细菌菌落发生变化，当有益菌减少而有害菌增加时会出现感染的情况。但正常人机体当中的泌尿系统，如肾脏、输尿管、膀胱及尿道内不存在细菌，因为正常的尿液无菌，所以膀胱并不存在正常的菌群，即不存在菌群失调而导致膀胱炎的情况。
若患者的尿液中或膀胱内出现细菌，可能为有害菌侵袭到膀胱内导致的膀胱炎。所以菌群失调指泌尿系统外的疾病，如消化道或女性的生殖系统中正常菌群出现变化而导致感染。但膀胱或泌尿系统正常情况下不存在细菌，所以并无菌群失调的问题。
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