男性的阴茎上长水疱，很可能是感染了生殖器疱疹。这是人类单纯疱疹病毒2型或者1型感染，所导致的性传播疾病，主要是由性接触传染，少部分人可以通过患者所使用的物品，而间接被传染。
被传染以后，通常有一周到几周的潜伏期，而后生殖器部位会出现细密的红疹、红斑，在此基础上产生小水疱，水疱可以转变为脓疱，然后出现皮肤破溃、浅表溃疡和糜烂面。这时候可能会有一些全身症状的伴随，比如发热、淋巴结肿大等等。
皮肤创面经过三周左右可以痊愈，抗病毒治疗可以使愈合进程加快，可以减少复发的几率。由于属于性传播疾病，水疱以及创面都含有疱疹病毒，因此要注意性伴侣或者配偶是否被感染。如果也被感染，应该同期进行检查，以及接受治疗。
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