即使肾结石引发泌尿系统的炎症反应，刺激到泌尿系统的上皮也不会引发肾囊肿的发生。肾囊肿的发病原因主要是泌尿小管上皮堵塞而造成原尿不断的堆积从而形成肾囊肿。该种疾病发生发展的机理并不是由于外源性因素的刺激而导致，具体病因尚不清楚，但肾囊肿并不会与肾结石的存在而有任何关联性的因素。因此，如果检查发现有肾结石以及肾囊肿，这是两个独立的疾病，临床上有肾结石，根据结石大小进行选择保守治疗排石或是积极的碎石手术就可以，对于肾囊肿，如果肾囊肿直径不大于4cm以上也是选择保守治疗，只有在近期出现癌变、囊肿破裂或是囊内出血以及感染的因素，或是有局部疼痛、压迫肾脏的血管产生肾血管性高血压这些并发症时才进行治疗，普通的肾囊肿不需要治疗。
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