鱼腥草的副作用有：
1、鱼腥草毒性小，口服后有鱼腥臭味，可能会影响食欲，导致胃口不佳影响吃饭；
2、肌注时局部可出现疼痛，有些患者比较敏感，肌肉注射后会出现比较明显的局部肌肉的肿胀、疼痛；
3、对阴道黏膜有一定的刺激性，使用的过程中要避免接触到阴道；
4、最严重的是鱼腥草注射液可引起过敏反应，表现有药物性皮炎，使用注射液后皮肤上起红疹，一般停药后可以自行消退。还有末梢神经炎、过敏性紫癜等，严重者可引起过敏性休克，甚至死亡，应引起足够的重视，目前临床已经被禁用。
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