后脑勺下方疼的原因包括脑干、小脑病变、颅颈交界病变、颈椎病以及枕神经痛等，先要做头部CT或磁共振检查，以确认是否有脑干或小脑的病变，最常见于脑梗死、脑出血、脑肿瘤等。
另外，颅颈交界的疾病可以引起后脑勺下方疼，比如常见的小脑扁桃体下疝或合并脊髓空洞症，还有颅底凹陷症或寰枢椎畸形等，颈椎病常可以引起后脑勺下方疼，可以做颈椎的CT或磁共振进行确诊，如果上述检查都没有问题，非常有可能是枕神经痛。
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