20岁三个月不来月经首先要检查血、尿HCG和B超除外妊娠可能，除外妊娠之后，要检查女性性激素六项和甲状腺功能，有时多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、卵巢功能早衰等特异内分泌疾病会有这种表现，各种疾病有相应的临床特点和激素表达特点，要做出鉴别和处理，比如高泌乳素血症表现为血泌乳素升高，要给予溴隐亭治疗。对于有垂体瘤者，需要手术治疗。多囊卵巢综合征表现为血雄激素升高或者LH相对升高，B超有特异表现，给予短效口服避孕药调整月经周期，或者促排卵药促排卵治疗。
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