先天性甲低的治疗时间越早预后越佳，有学者报道，若在生后三个月内治疗，74%的病例的智商可达到90以上。生后4-8个月治疗，33%患者智商可达90以上。大多数早期治疗病例均可获得较高智商，学习成绩满意，和最轻运动障碍。
但并非所有早期诊断和治疗病例均可达到较高智商，如出生时即发现明显宫内甲低存在，骨龄已经明显延迟，T4水平到0nmol/L，难以纠正低T4血症、甲状腺缺失等，对日后智商下降和其它神经系统后遗症，具有高度的危险性。
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