上完厕所肛门疼痛的原因可能有以下几种：
1、最常见的是痔疮，一般痔疮合并感染时可能容易出现。
2、可能的原因是肛裂，上完厕所，尤其便秘时容易出现，疼痛一般为剧烈疼痛，由于反复剧烈的疼痛，不敢大便，造成便秘，便秘会加重肛裂的症状。
3、可能的原因是多次腹泻，肠液刺激，有可能是急性胃肠炎导致的腹泻。
如果发现上完厕所肛门疼痛，建议到正规的专科医院完善检查明确诊断，及时对症治疗。
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