严重肠胃炎患者可能表现为上吐下泻，严重时可能出现脱水，因经胃肠道丢失液体较明显，严重脱水也可能并发严重感染，如果未进行积极治疗，胃肠炎可能造成感染性休克，甚至危及生命。大部分急性肠胃炎病程较短，经过积极对症、对因支持治疗后，短时间内均可恢复正常。但如果急性胃肠炎并未在短时间内较好控制症状，并发严重感染且由于胃肠道失水严重，导致明显脱水等，此时可造成严重后果，可导致严重发症出现。
出现急性胃肠炎时，给予积极对因和对症支持治疗较重要，如果合并细菌感染时，需选用合适抗生素，如针对消化道感染，可选用喹诺酮类、头孢类抗生素。还需针对上吐下泻症状进行积极对症治疗，如充分补液，避免补液不充足。此外，还可以应用黏膜保护剂、止泻药物缓解症状。
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