衣原体不是细菌，衣原体是寄生在细胞内的原核生物，其自身不能够提供能量，需要寄生于宿主细胞体内，依赖宿主细胞提供能量才能够生存，这一点类似于病毒。而细菌一般能够独立生存，不需要寄生在宿主细胞体内。所以，衣原体与细菌有明显的差异。
衣原体也有类似于细菌的地方，衣原体本身类似于细菌，可以同时具有两种核酸，具有RNA和DNA，这一点与病毒不同。另外，衣原体也具有细胞壁，这一点类似于细菌。衣原体可以有类似于革兰氏阴性杆菌的细胞壁表现，主要是由脂多糖组成的细胞壁，这一点与病毒有所区别。所以衣原体既不是细菌，也不是病毒，其有自己独自的特征。衣原体一般在体外不能够培养，通过衣原体的抗原、抗体以及核酸可以帮助诊断衣原体感染，对人体致病的衣原体包括肺炎衣原体、沙眼衣原体以及鹦鹉热衣原体。
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