桥本甲状腺炎主要是由于免疫系统产生攻击甲状腺的自身抗体，部分甲状腺滤泡细胞被破坏，导致甲状腺激素分泌不足，未被破坏的甲状腺滤泡细胞为了维持机体的正常功能，进行代偿性的增生，以产生更多的甲状腺激素。当甲状腺失去代偿能力，出现甲减时，提示90%的甲状腺滤泡已经被破坏。导致机体发生自身免疫的因素，主要有以下几种：
第一、细胞免疫，机体可以产生干扰素、白介素等细胞因子，参与诱导细胞的凋亡，破坏甲状腺组织。
第二、体液免疫，抗甲状腺过氧化物酶抗体，可以通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒作用，以及补体介导的细胞毒作用，破坏甲状腺组织。
