任何治疗都有利有弊，输精管可复性注射栓堵术虽然属于微创手术，术后同样也可能会出现一些近期和远期的并发症。近期并发症，比如出血与血肿、感染、痛性结节、附睾淤积症，以及一些性功能障碍方面的问题。
对于长期安全性的问题要考虑对睾丸的影响，比如可能使睾丸生精功能下降，附睾的影响有可能使附睾管扩张、破裂和纤维化。对输精管的影响，有可能使输精管形成肉芽肿。另外，有一部分人在实行栓堵术以后会出现抗精子抗体。还要考虑的就是复通的问题，有一些人因为各种原因需要恢复生育，就要考虑栓堵术的复通，复通率大约是40%-50%。因此，做绝育手术之前要考虑清楚再做。
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