甲钴胺与维生素B12效果略微有差异，但是两种药物都可以营养神经，临床可以用于肢体麻木、感觉障碍的治疗。甲钴胺属于内源性的维生素B12且比维生素B12营养神经的效果要好。甲钴胺存在于血液与骨髓中，对于神经元的传导具有良好的改善作用，用于治疗神经系统病变时效果比维生素B12要好。维生素B12属于复合物且服用以后不能够被人体直接的利用，需要进入血循环转换为甲基钴胺与辅酶B12才能够有活性。甲钴胺不经过肝脏代谢在体内会直接发挥作用，所以甲钴胺比维生素B12效果要好，但是甲钴胺的价格也比维生素B12要高。
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