牙根肿痛，造成吞咽口水时疼痛，说明在咽旁出现软组织的急性炎症。通常包括急性蜂窝织炎，以及骨膜下，或黏膜下的脓肿，还可能是临近的间隙感染在磨牙区，或智齿引起根尖的急性炎症，或慢性炎症急性发作。根尖周围的炎性渗出物便可以破坏周围骨质，开始是破坏骨松质，之后是破坏骨皮质，形成骨膜下脓肿。如果突破骨膜下脓肿，便会形成黏膜下脓肿，此时在咽旁便会有明显的肿胀和疼痛。
另外在形成骨膜下脓肿时，临近软组织也会反应性的出现炎性淋巴水肿或蜂窝织炎，患者吞咽时，同样会引起明显疼痛。如果炎症没有得到及时控制，并出现扩散，还可能引起临近间隙的感染。在咽旁可能引起咽旁间隙感染，或翼下颌间隙感染，还可能引起舌下间隙感染、颌下间隙感染等，均可引起吞咽，尤其是吞口水时出现明显疼痛。
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