二甲双胍最严重的副作用主要是比较罕见的乳酸酸中毒，长期使用二甲双胍可能会减少维生素B12的吸收，如果患者出现巨幼红细胞贫血，这个时候应该考虑这个原因，但是一般是非常罕见的。常见的不良反应主要是消化系统的，比如恶心、呕吐、腹泻、腹痛、食欲不振，大多数患者都可以通过停止给药自行缓解。
这个药还会有常见的，比如味觉障碍、胃肠道的异常。除此之外，还会有一些罕见的，比如皮下组织异常、皮肤反应，如荨麻疹、红斑、瘙痒等等症状，所以在用药前应该看看说明书，充分了解这个药以后再开始使用，避免不能耐受的反应发生，但是一旦出现不能耐受的反应和症状，要及时咨询药师或者到医院就诊。
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