患者存在血压高，做磁共振检查主要目的是帮助判断高血压是否造成相应靶器官损害。高血压容易累及靶器官，包括脑、心、肾及全身动脉血管，尤其是脑部容易出现脑梗死、脑出血等严重情况。脑出血比较敏感CT检查，但部分脑梗死尤其是比较小的梗死灶，需要通过磁共振检查，更为精准地进行判断。如果患者患有血压高，伴随有头晕、头痛症状，为除外脑血管损害可进行磁共振检查。
另外，血压高对于心脏损害，是容易先发生心肌肥厚，在此基础上，如果患者仍未管理好血压，可能造成心脏增大而发生心力衰竭。因此为判断心衰病因通常需进行心脏磁共振检查，重点观察心肌病理变化特点，以及在磁共振上影像学特点，间接判断心脏变大、心肌肥厚是否与高血压相关，对病情进行较精准判断。
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